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々が海底都市から海上都市へ生活の場を移して100年後の世界。海上都市カムチャッカで中核を担う組織・海洋庁の入庁試験で不合格になった天涯孤独の主人公・水樹マイアは、合格後の入寮を見通してそれまで住んでいた家も引き払っていたため、途方に暮れて街をさまよっていた。まもなく、マイアは逃走中の犯罪者と出くわして人質に取られ、その犯罪者を追っていた何でも屋・ネレイス社の本城レナにより、犯罪者ごとショックガンで撃たれてしまう。

マイアはネレイス社カムチャッカ支店の事務所で気絶から目覚めるが、今度は犯罪者の仲間をおびき寄せるための餌としてレナに使われたうえ、住み込み社員として働くことになってしまう。この支店にはレナ以外にも変わり者の女性社員が多く、彼女たちにマイアは日々振り回されることとなった。

しかし、物語が進むうちにマイアの正体が100年前に壊滅した海底都市エルピダの唯一の生き証人であることが、明らかになっていく。コールドスリープによって生き延びるもその副作用で当時の記憶を失っていたマイアは、昨年に死去した祖父（正体はマイアより60年先に目覚めていた兄）の水樹翔や海洋庁のケビン・ウェイとクレア光永により、「両親と一緒に自動車事故に巻き込まれて両親は亡くなり、自分は事故から1年間昏睡状態だった」と偽の情報を教え込まされていた。

エルピダ壊滅の真相は、生化学プラントの事故でウイルスが漏れたことから発生したバイオハザードであった。まもなく、海洋都市連合にエルピダは見捨てられ、「浮上失敗事故」として隠蔽処理された。真相を漏洩されないよう、海洋庁情報局は翔にその口外を固く禁じたうえ、マイアを監視することにした。また、マイアが海洋庁の入庁試験で不合格になった真相は、彼女に自らの出生とエルピダ壊滅の真相を知られないよう、海洋庁情報局が試験結果を改ざんしたためだった。

マイアはシベリアシティ旧区画の出来事と月桂樹（ダフネ）を見て記憶が一部戻り始めたこともあり、海洋庁諜報部から命を狙われる。しかし、レナをはじめさまざまな人々の協力や、エルピダの月桂樹のもとに翔と協力して埋めていたタイムカプセルにより、マイアの失った記憶とエルピダ壊滅の真相は世間へ公表される。こうして、物語は海洋庁の入庁試験を受けずにネレイス社での生活を選んだマイアの姿で締め括られる。